24.03.2024 — G-Protein gekoppelte Rezeptoren sind eine wichtige Gruppe von Zellrezeptoren, die in der Membran sitzen. Mit Hilfe von grobkörnigen Moleküldynamiksimulationen konnten wir zeigen, dass sie auch Medikamenten die Überquerung der Zellmembran erleichtern können. Unsere Ergebnisse sind jetzt in einer Vorveröffentlichung mit dem Titel "GPCR surface creates a favorable pathway for membrane permeation of drug molecules" nachzulesen.
15.03.2024 — In den letzten beiden Tagen hat der wissenschaftliche Beirat das FIAS besucht und sich einen Überblick über die vielfältigen Forschungsaktivitäten am FIAS verschafft. Cristina, Saara und Thilo haben die Projekte der Thallmair-Gruppe bei der Postersitzung mit viel Engagement vorgestellt!
12.03.2024 — Sebastian hat heute einen Vortrag mit dem Titel "Unraveling protein function and dysfunction by means of coarse-grained molecular dynamics" am Max-Planck-Institute für Polymerforschung gehalten. Es war schön, alte Freunde zu treffen und neue Verbindungen zu knüpfen! Danke für die Einladung und die spannenden Diskussionen!
07.03.2024 — In der Vortragsreihe FIAS-Forum werden aktuelle naturwissenschaftliche Themen von FIAS-Forschenden allgemein verständlich vorgestellt. Heute Abend wird Sebastian einen Vortrag mit dem Titel "Wie Lichtschalter in Medikamenten der Zukunft eingesetzt werden können" halten. Für Kurzentschlossene gibt es mehr Details in der Ankündigung.
09.02.2024 — Cristina wird das diesjährige Biophysical Society Meeting in Philadelphia (PA, USA) besuchen und dort ein Poster mit dem Titel "Exploring Lipid and Ligand Flip-Flop on the Surface of a GPCR: A Martini 3 Study" vorstellen.
02.02.2024 — Wir freuen uns, dass die SCALE Initiative eingeladen ist, einen Vollantrag im Rahmen der Exzellenzinitiative einzureichen! Sebastian ist als assoziierter Wissenschaftler an dem Antrag beteiligt. Glückwunsch an alle Mitstreiter!
01.01.2024 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr und freut sich auf tolle Kooperationen, spannende Forschungsergebnisse und interessante Konferenzen!
05.12.2023 — Sebastian hat für zwei Tage die Universität Münster besucht und heute einen Vortrag mit dem Titel "Modeling protein-lipid interactions: From LHCII lipid fingerprints to specific lipid binding sites" im pflanzenbiologischen Kolloquium gehalten. Vielen Dank für die Einladung und die spannenden Diskussionen!
31.10.2023 — Leider müssen wir uns heute von Marieli Goncalves Dias verabschieden. Nach einem Jahr als Gastdoktorandin in der Thallmair-Gruppe geht sie zurück an die Campinas Universität (Brasilien). Es war schön, Marieli als Teil unserer Gruppe zu haben. Wir wünschen Dir alles Gute, Marieli!
05.10.2023 — Cholesterol ist ein Kernbestandteil von Zellmembranen und daher ein wichtiges Molekül in biomolekularen Simulationen. Unser Artikel zur Entwicklung und Validierung des Cholesterol-Modells für das grobkörnige Kraftfeld Martini 3 wurde im Journal of Chemical Theory and Computation angenommen. Er trägt den Titel "Martini 3 Coarse-Grained Force Field for Cholesterol".
01.10.2023 — Wir begrüßen Saara Lautala und Thilo Duve ganz herzlich in der Thallmair-Gruppe! Saara arbeitet im Rahmen der Initiative SCALE als Postdoktorandin in Zusammenarbeit mit der Gruppe von Florian Wilfling (MPI für Biophysik) an Membrankontaktstellen. Thilo wird in seiner Masterarbeit lichtschaltbare Kinaseinhibitoren untersuchen.
15.09.2023 — Diese Woche war Sebastian auf dem Symposium Theoretische Chemie in Zürich (Schweiz). Nach vier interessanten Konferenztagen hat er heute außerdem die Gruppe von Pablo Rivera-Fuentes an der Universität Zürich besucht und einen Vortrag mit dem Titel "Protein-ligand interactions resolved by classical molecular dynamics" gehalten. Vielen Dank für die Einladung und die spannenden Diskussionen!
11.08.2023 — Wir freuen uns, dass Cristina auf dem EBSA Kongress in Stockholm (Schweden) für ihr Poster mit dem Titel "Ligand Flip-Flop on a GPCR Surface" einen Posterpreis erhalten hat! Gianmarco Lazzeri aus der Covino-Gruppe wurde ebenfalls ausgezeichnet. Herzlichen Glückwunsch, Cristina und Gianmarco!
03.08.2023 — Unsere beiden Doktorandinnen Cristina und Marieli nehmen diese Woche am EBSA Kongress in Stockholm (Schweden) teil. Beide präsentieren dort je ein Poster mit ihren Forschungsergebnissen zu G-Protein gekoppelten Rezeptoren beziehungsweise nuklearen Rezeptoren.
24.07.2023 — In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern von der Philipps-Universität Marburg konnten wir zeigen, dass sich das Tubby-Protein in Kontaktstellen zwischen dem endoplasmatischen Retikulum und der Plasmamembran aufhält. Dort bindet es sowohl an spezielle Lipide als auch an ein Protein, das nur in diesen Kontaktstellen auftritt. Mehr dazu können Sie in unserer Publikation mit dem Titel "Localization of the tubby domain, a PI(4,5)P2 biosensor, to E-Syt3-rich ER-PM junctions" im Journal of Cell Science nachlesen.
17.07.2023 — Auf dem CMMS-Retreat, der vom 17.-21.07.2023 am Rursee in der Eifel stattfindet, präsentiert Cristina ihre Forschungsergebnisse in einem Vortrag. Außerdem gibt Sebastian eine Einführung in grobkörnige Moleküldynamiksimulationen.
13.07.2023 — In dem FIAS-News-Beitrag "Sensor ermöglicht Analyse eines wichtigen zellulären Abfangjägers" erfahren Sie mehr über den neuartigen Glutathionsensor, den wir in Nature Chemistry veröffentlicht haben.
11.07.2023 — Heute gibt Sebastian Thallmair eine Keynote-Lecture mit dem Titel "Protein-lipid interactions resolved by coarse-grained molecular dynamics" auf der Konferenz "10th European Symposium for Plant Lipids" in Amsterdam, Niederlande. Herzlichen Dank an Teun Munnik (Universität Amsterdam), das Organisationskommittee und die Deutsche Gesellschaft für Fettwissenschaft e.V. für die Einladung auf die interessante Konferenz rund um pflanzliche Fette.
16.06.2023 — Glutathion spielt eine wichtige Rolle in Zellen: es reguliert das zelluläre Redoxpotential und ist an Signalprozessen beteiligt. Zusammen mit Wissenschaftlern an der Universität Zürich haben wir einen quantitativen Glutathionsensor entwickelt und charakterisiert, der selektiv in zellulären Substrukturen, also einzelnen Organellen eingesetzt werden kann. Unsere Ergebnisse sind jetzt in Nature Chemistry unter dem Titel "A Locally Activatable Sensor for Robust Quantification of Organellar Glutathione" erschienen.
31.05.2023 — Initiiert von Doris Hardt und Sebastian Thallmair wurde zum ersten Mal der Preis "Best FIGSS Talk" an Vortragende des FIGSS Seminars im Wintersemester 2022/2023 verliehen. Im Rahmen der Graduiertenschule FIGSS am FIAS stellen Doktorand*innen ihre Forschungsarbeiten in der zweiwöchig stattfindenden Seminarreihe vor. Seit dem Sommersemester 2022 ist Sebastian wissenschaftlicher Koordinator der Graduiertenschule FIGSS.
30.05.2023 — In internationaler Zusammenarbeit mit Forschenden aus Portugal, Frankreich, den Niederlanden, Deutschland, Kanada und den USA haben wir ein Martini 3 Model für Cholesterol entwickelt und validiert. Cholesterol ist ein Kernbestandteil von Zellmembranen und daher ein wichtiges Molekül in biomolekularen Simulationen. In unserer neuen Vorveröffentlichung können Sie mehr über das Martini 3 Model für Cholesterol erfahren.
03.05.2023 — Zusammen mit der Gruppe von Dr. Roberto Covino haben wir der Alfons und Gertrud Kassel-Stiftung, der Dr. Rolf M. Schwiete Stiftung, sowie der Johanna Quandt Stiftung, die unsere Forschungsprojekte fördern, unsere Forschungsergebnisse unter dem Titel "Biomolecular function unraveled by the computational microscope" vorgestellt. Neben Vorträgen von Cristina und Sebastian haben Marieli und Charlie ihre Ergebnisse auf Postern präsentiert. Wir möchten uns nochmal herzlich für die großzügige Förderung bedanken!
13.04.2023 — Wir freuen uns, Dr. Paulo C. T. Souza vom CNRS in Lyon (Frankreich) im ersten CMMS-Seminar des Sommersemesters 2023 zu begrüßen. In seinem Vortrag "On the road to biomolecular design with the Martini coarse-grained model" gab er einen Überblick über das Martini 3 Kraftfeld und zeigte Anwendungen im Bereich Medikamentendesign und Wirkstoffabgabe.
27.03.2023 — Wir begrüßen David Grantz und Charlie Müller ganz herzlich in der Thallmair-Gruppe! David arbeitet an seiner Doktorarbeit in der Gruppe von Ben Feringa und Wiktor Szymanski an der Universität Groningen (Niederlande) und wird in den nächsten zwei Wochen am FIAS an Docking von lichtschaltbaren Antibiotika arbeiten. Charlie studiert Biophysik an der Goethe-Universität Frankfurt. Für seine Bachelorarbeit in der Thallmair-Gruppe wird er sich mit lichtschaltbaren Lipiden beschäftigen.
13.03.2023 — In den nächsten eineinhalb Wochen wird Sebastian gemeinsam mit Dr. Roberto Covino (FIAS) und Dr. Maziar Heidari (MPI für Biophysik) die Vorlesung "Introduction to Biomolecular Simulations" an der Goethe-Universität halten.
20.02.2023 — Unsere Veröffentlichung mit dem optimierten Martini 2 Cholesterol Model ist unter dem Titel "Optimal Bond Constraint Topology for Molecular Dynamics Simulations of Cholesterol" im Journal of Chemical Theory and Computation erschienen. Außerdem beschreiben wir ein Diagnoseprogramm zur Analyse problematischer Kraftfeldbeschreibungen von Molekülen, die zu nicht-physikalischen Temperaturgradienten in Moleküldynamiksimulationen führen. Vielen Dank an Balázs Fábián und Gerhard Hummer für die gute Zusammenarbeit!
02.02.2023 — Wir haben eine interdisziplinäre Postdoc Stelle zur Untersuchung von Membrankontaktstellen mittels cryo-Elektronenmikroskopie und molekularer Modellierung zu besetzen. Die Stelle ist in Kooperation mit der Gruppe von Florian Wilfling am Max-Planck-Institut für Biophysik. Mehr Details und den Link zum Abschicken Ihrer Bewerbung finden Sie hier.
30.01.2023 — Sind Sie neugierig, wie ein Martini 3 Proteinmodel aufgesetzt wird, um Protein-Ligand-Wechselwirkungen zu untersuchen? Eine detaillierte Beschreibung finden Sie in unserem neuen Buchkapitel "Practical Introduction to Martini 3 and its Application to Protein-Ligand Binding Simulations". Glückwunsch, Cristina, und vielen Dank an alle Coautoren!
01.01.2023 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr und freut sich auf tolle Kooperationen, spannende Forschungsergebnisse und interessante Konferenzen!
19.12.2022 — Wir freuen uns, dass unsere Veröffentlichung "Protein-ligand binding with the coarse-grained Martini model" in die Kollektion "Molecular dynamics simulations and computational methods in life science" von Nature Communications aufgenommen wurde.
16.12.2022 — Gestern fand das Symposium "2nd Molecular Modeling and Simulation Workshop" im Rahmen des CMMS am FIAS statt. Neben einem Gastvortrag von Prof. Dr. Ahmad Reza Mehdipour trugen Doktorand/innen und Postdoktorand/innen von Gruppen aus der Rhein-Main-Region vor. Auch Cristina und Marieli haben ihre Forschungsergebnisse präsentiert.
14.11.2022 — Vergangene Woche haben Cristina und Sebastian drei Tage auf dem "2nd Martini Developers Meeting" auf Malta verbracht. Dort fand ein intensiver Austausch mit den Hauptentwickler-Gruppen über aktuelle und kommende Entwicklungen des grobkörnigen Martini-Kraftfelds statt.
03.11.2022 — Herzlich Willkommen, Marieli Goncalves Dias! Marieli ist Doktorandin an der Campinas Universität und dem Brazilian Biosciences National Laboratory in Campinas, Brasilien. Sie wird ein Jahr als Gastdoktorandin in der Thallmair-Gruppe verbringen um Moleküldynamiksimulationen von Kernrezeptoren durchzuführen.
20.10.2022 — Wir haben eine optimale Beschreibung von Cholesterol mit dem grobkörnigen Kraftfeld Martini entwickelt. Dies verhindert die Entstehung künstlicher Temperaturgradienten in Simulationen biologischer Membranen. Zusammen mit Kollegen am CMMS und MPI für Biophysik haben wir unsere Ergebnisse in einer Vorveröffentlichung zusammengefasst.
04.10.2022 — Unsere Veröffentlichung über lichtschaltbare cross-linker wurde unter dem Titel "Light-Responsive Linkers for the Control of Biomolecules" in ChemistryViews auf Englisch zusammengefasst.
08.09.2022 — Das Tubby-Protein spielt eine wichtige Rolle für die Kommunikation zwischen Zellen. In Zusammenarbeit mit Wissenschafltern aus Marburg und Groningen konnten wir eine bislang unbekannte, zweite Bindestelle des Signallipids PI(4,5)P2 identifizieren. Sie erhöht die Sensitivität von Tubby für das Signallipid maßgeblich. Mehr Details dazu finden Sie in dem FIAS-News-Artikel und in der Veröffentlichung "Two cooperative binding sites sensitize PI(4,5)P2 recognition by the tubby domain", die in Science Advances erschienen ist.
03.09.2022 — Lichtschaltbare cross-linker können an zwei Stellen mit Biomolekülen verbunden werden und dann durch kontrollierte Bestrahlung mit Licht die Funktion der Biomoleküle verändern. Gemeinsam mit Wissenschaftern der Universität Groningen haben wir solche cross-linker mit verbesserter Wasserlöslichkeit entwickelt und charakterisiert. Die Ergebnisse sind unter dem Titel "Photoswitchable, water-soluble bis-azobenzene cross-linkers with enhanced properties for biological applications" im Journal ChemPhotoChem erschienen.
24.06.2022 — Unser Artikel zur Häufigkeit von Abbrüchen in Moleküldynamiksimulationen mit dem Titel "Small ionic radii limit time step in Martini 3 molecular dynamics simulations" ist in The Journal of Chemical Physics erschienen. In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern im CMMS und am MPI für Biophysik haben wir Lösungen erarbeitet, um größere Zeitschritte in Martini 3 Simulationen zu ermöglichen und so deren Effizienz zu steigern. Vielen Dank an Balázs Fábián und Gerhard Hummer für die gute Zusammenarbeit!
09.05.2022 — Letzte Woche hat Cristina einen Vortrag mit dem Titel "Coarse-grained modeling of salbutamol and salmeterol binding to β2-adrenergic receptor" in der Doktoranden-Edition der BioExcel Webinar Serie gehalten. Für alle, die den Vortrag verpasst haben, gibt es eine Aufzeichnung auf der BioExcel Webseite.
13.04.2022 — Zu große Zeitschritte in Molekükdynamiksimulationen können zu häufigen Abbrüchen der Simulation führen. Zusammen mit Kollegen im CMMS und MPI für Biophysik haben wir ein statistisches Modell für die Häufigkeit solcher Abbrüche entwickelt. Das Modell und eine Analyse von Abbrüchen in Simulationen mit dem grobkörnigen Kraftfeld Martini 3 sind in unserer Vorveröffentlichung zusammengefasst.
11.04.2022 — Glutathion ist für das zelluläre Redoxpotential verantwortlich sowie an zellulären Signalprozessen beteiligt. In Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern aus der Schweiz haben wir einen quantitativen Glutathionsensor entwickelt und charakterisiert. In einer Vorveröffentlichung zeigen wir, dass der Sensor sowohl in der gesamten Zelle also auch in bestimmten Organellen eingesetzt werden kann, um die Glutathionmenge zu bestimmen.
01.04.2022 — Cristina wurde auf der virtuellen Konferenz "BioExcel School on Biomolecular Simulations" mit einem Posterpreis für ihr Poster "Coarse-grained modeling of salbutamol and salmeterol binding to β2-adrenergic receptor" ausgezeichnet! Damit verbunden darf sie ihre Forschungsergebnisse in einem Vortrag bei dem BioExcel Webinar am 3. Mai vorstellen. Herzlichen Glückwunsch, Cristina!
01.04.2022 — Zusammen mit Forschern an der Universität Groningen haben wir einen Übersichtsartikel geschrieben, in dem wir uns der Rolle von katalyse-induzierter Bewegung von Enzymen widmen und deren möglichen Einfluss auf den zellulären Metabolismus. Mehr dazu finden Sie in unserer Veröffentlichung mit dem Titel "Perspective: A stirring role for metabolism in cells", die in Molecular Systems Biology erschienen ist.
08.03.2022 — Die Entwicklung von lichtschaltbaren Medikamenten stellt eine besondere Herausforderung dar, da sie Elemente der medizinischen Chemie und der Photochemie verbindet. In unserer Veröffentlichung im Journal of Medicinal Chemistry zeigen wir zusammen mit Wissenschaftlern aus den Niederlanden und Deutschland, wie computergestützte Methoden erfolgreich dazu beitragen können, lichtschaltbare Inhibitoren für ein bakterielles Enzym zu entwickeln.
03.01.2022 — Bei starker Lichteinstrahlung ist es für Photosynthese-betreibende Organismen wichtig, sich vor zu viel Lichtenergie zu schützen. Gemeinsam mit Wissenschaftlern aus den Niederlanden und Italien haben wir herausgefunden, dass sich bei einem der bekannten Regulationsmechanismen Teile der Proteinstruktur und die Lipidaffinität ändern. Mehr über die NMR Messungen und gröbkörnigen MD Simulationen erfahren Sie in unserer Veröffentlichung im Biophysical Journal.
01.01.2022 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr!
