2021
16.12.2021 — Stark eutektische Lösungsmittel sind eine umweltfreundliche und kostengünstige Alternative zu ionischen Flüssigkeiten und finden mehr und mehr Anwendung in der chemischen Industrie. Zusammen mit Wissenschaftlern von der Universität Groningen und dem CNRS in Lyon haben wir ein Modell zur Simulation der Eigenschaften von stark eutektischen Lösungmitteln entwickelt. Mehr dazu erfahren Sie unserer neuen Veröffentlichung in ACS Sustainable Chemistry and Engineering.
15.10.2021 — ω-Transaminasen katalysieren die Umwandlung von Ketonen in chirale Amine und sind daher interessant für die chemische Industrie z.B. bei der Herstellung von Arzneimitteln. In unserer neuen Veröffentlichung im Journal of Chemical Information and Modeling stellen wir ein effizientes computergestütztes Protokoll zur Vorhersage der Enatioselektivität und katalytischen Selektivität von ω-Transaminasen vor. Am Beispiel der ω-Transaminase von Vibrio fluvialis zeigen wir dessen Vorhersagekraft im Vergleich zu 62 experimentellen Datenpunkten.
07.09.2021 — Der Martini-Workshop war der Auftakt eines Monats mit mehreren Vorträgen zu unseren Arbeiten. Sebastian Thallmair ist eingeladen, einen Vortrag auf der CLiC-Konferenz zu geben. Außerdem wird er die Arbeitsgruppe auf den PhD-Days des FIAS vorstellen sowie einen Vortrag auf der virtuellen Herbsttagung der Deutschen Physikalischen Gesellschaft geben.
03.09.2021 — Der dreitägige online Martini-Workshop ist heute erfolgreich zu Ende gegangen. Neben Tutorials gab es auch aufgezeichnete Vorträge und entsprechende Frage-und-Antwort-Sitzungen, die live abgehalten wurden. Sebastian Thallmair stellte in einem eingeladenen Vortrag die Proteinmodelle in Martini 3 vor und betreute die Protein-Tutorials. Auch Cristina Gil Herrero war als Teilnehmerin auf dem Workshop aktiv.
17.08.2021 — In Simulationen von Lipiddoppelschichten mit Cholesterol können künstliche Temperaturgradienten entstehen, die die Membraneigenschaften beeinflussen. Gemeinsam mit Wissenschaftlern der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik und der Universität Groningen haben wir entdeckt, dass das Problem in grobkörnigen sowie atomistischen Simulationen auftritt. In unserer neuen Veröffentlichung in The Journal of Physical Chemistry B beschreiben wir, wie diese Artefakte vermieden werden können.
16.08.2021 — Unsere Forschungsergebnisse zum Protein-Engineering einer ω-Transaminase sind in ACS Catalysis erschienen. Zusammen mit Wissenschaftlern der Universität Groningen haben wir ein computergestütztes Verfahren verwendet, um die Akzeptanz unterschiedlicher Substrate einer temperaturstabilen, synthetisch attraktiven Transaminase zu verbessern. Die berechneten Ergebnisse wurden anschließend experimentell bestätigt.
02.08.2021 — Herzlich Willkommen, Cristina Gil Herrero! Cristina hat ihren Master in Theoretical Chemistry and Computational Modeling an der Autonomen Universität in Madrid gemacht und wird ihre Doktorarbeit im Bereich Protein-Ligand Wechselwirkungen in der Thallmair-Gruppe anfertigen.
12.07.2021 — Wir freuen uns, Timo Bachmann von der Universität Wien in der Thallmair-Gruppe begrüßen zu dürfen. Er wird im Rahmen eines Erasmus+ Stipendiums ein Forschungspraktikum bei uns machen.
09.07.2021 — In unserem heutigen online Mini-Symposium waren die vier CMMS-Nachwuchsgruppen und weitere Nachwuchsgruppen aus der Rhein-Main-Region vertreten. Das Mini-Symposium, initiiert von Roberto Covino und Sebastian Thallmair, umfasste sieben spannende Vorträge aus dem Bereich Modellierung und computergestützte Biologie.
16.06.2021 — Von 1.-3. September 2021 findet ein online Martini-Workshop statt. Während des dreitägigen Workshops liegt der Fokus auf der neuen Version des grobkörnigen Kraftfelds Martini 3. Es wird sowohl Vorträge der Hauptentwickler des neuen Martini 3 Kraftfelds geben, als auch betreute Tutorials. Auch Sebastian Thallmair wird einen Vortrag halten. Mehr Information (auf englisch) und den Link zur Anmeldung finden Sie hier.
29.03.2021 — Nach unzähligen Durchgängen von Optimierungen ist die lang erwartete und vollständig neu parametrisierte Version des grobkörnigen Kraftfelds Martini 3 erschienen. Die Veröffentlichung mit dem Titel "Martini 3: A General Purpose Force Field for Coarse-Grained Molecular Dynamics" ist in Nature Methods erschienen. Alle Details und die umfangreiche Sammlung an Testsystemen sind in der 116-seitigen (!) Supporting Information zu lesen. Die Kraftfeldparameter gibt es hier zum Download.
18.03.2021 — Zusammen mit Kooperationspartnern an der Universität Groningen und dem Universitätsklinikum Groningen haben wir aus zwei Sulfonamid-Inhibitoren lichtschaltbare Inhibitoren entwickelt. Mehr dazu gibt es in unserer Publikation "Biaryl Sulfonamides as cisoid Azosteres for Photopharmacology" in Chemical Communications zu lesen.
03.03.2021 — Die Thallmair-Gruppe ist eine der vier Nachwuchsgruppen, die im vergangenen Jahr am FIAS und im CMMS Projekt eingerichtet wurden. Für alle, die mehr über die vier Gruppen wissen wollen, gibt es einen kurzen Film. Dieser wurde im Rahmen der "Giersch - Summerschool & International Conference" gedreht.
05.02.2021 — Wir suchen eine Doktorandin oder einen Doktoranden mit Interesse am Thema "Microscopic Modeling of Protein-Drug Binding" und freuen uns auf zahlreiche Bewerbungen bis zum 28.02.2021. Mehr Informationen dazu gibt es in der Stellenanzeige.
27.01.2021 — Die Editoren von Nature Communications haben unsere Publikation "Protein-ligand binding with the coarse-grained Martini model" in ihre Highlights zum Thema "Structural biology, biochemistry and biophysics" aufgenommen. Vielen Dank und Gratulation an alle Coautoren aus Groningen, Lugano, Lyon und Chicago!
01.01.2021 — Die Thallmair-Gruppe wünscht allen ein frohes neues Jahr!