Horst Stöcker, in Frankfurt am Main geboren, studierte Physik, Mathematik, Chemie und Philosophie an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt. Mit der Dissertation "Shock waves in nuclear matter – proof by circumstantial evidence" bei Walter Greiner wurde er 1979 von der Goethe-Universität Frankfurt zum Dr. phil.nat. promoviert. Als Gastwissenschaftler an der GSI ging er 1980 als DAAD-NATO-Fellow zum Lawrence Berkeley Laboratory, Berkeley, USA, und nahm 1982 einen Ruf an die Michigan State University und an das National Superconducting Cyclotron Laboratory (NSCL), East Lansing, Michigan, an. 1985 folgte er dem Ruf an das Institut für Theoretische Physik der Goethe-Universität und wurde 2004 zum Judah M. Eisenberg-Professor Laureatus ernannt.‎ 

2004 - 2006 war er Gründungsvorstandsvorsitzender des FIAS‎ und bis heute ist er Senior Fellow und Mitglied des FIAS Vorstands‎.‎ 2000 - 2003 und 2006 - 2007 bekleidete er das Amt des Vizepräsidenten der Goethe-Universität für Naturwissenschaften und Medizin. Von 2007 - 2015 diente er als wissenschaftlicher Geschäftsführer der GSI Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung GmbH, wo er noch immer als leitender Wissenschaftler wirkt. Er war von 2008 - 2012 Vizepräsident der Helmholtz-Gemeinschaft Deutscher Großforschungseinrichtungen und koordinierte den Forschungsbereich „Struktur der Materie“.‎ Er gründete die Helmholtz Institute in Jena und Mainz, das Europäische Grossforschungszentrum FAIR GmbH in Darmstadt, das FAIR Russia Research Center und das Center for International FAIR Collaboration in Wuhan, China, wo er - ebenso wie an der USTC in Hefei, China, - eine Gastprofessur innehat.

Im Laufe seiner Kariere hat Horst Stöcker rund 500 Publikationen veröffentlicht, die ca. 50 000 mal zitiert wurden, ca. 50 Doktoranden betreut und 5 Patente eingereicht. 

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